分離の条件を設定する際に重要な指標になり２成分の分離の効果を表す数値です。分離後の２成分の比を、分離前の２成分の比で割った値が用いられます。２つの成分の保持時間の差が大きい程、分離係数が大きくなります。分離係数を大きくするためには、主に移動相を溶出力の強い溶媒に変更する事で改善できます。また、イオン性物質の場合は移動相のpHを変更する事で同様に分離係数を大きくすることが可能です。